Az őskortól a magyarok megjelenéséig, tehát egészen a honfoglalásig a Dunántúlon, ezen belül is Dél-Dunántúlon és Baranya megyében számos kultúra, számos nép élt hosszabb-rövidebb ideig. A község nevének alapul szolgáló Boda – Buda személynév – változat a feltételezések szerint szláv eredetű, valószínűleg cseh. Sok égetőkemencét is tártak fel, tehát sok fazekas élhetett a környéken.
Az államalapítás után már létezett a falu de nem a mai helyén, hanem attól kissé észak-keletre, az úgynevezett Gemeindegipfel nevű résznél, ahol több cseréptörmelék, edény, fazék kemence és pénz került elő. Itt húzódott egy közlekedési útvonal is, mely Pécsről indult, elérve Pécsváradot Fazekasboda felé fordult, majd a hegytetőn Szebény fölött érte el Bátaszéket. 1232-ig királyi birtok volt, de ekkor a pécsváradi apátságnak adományozták. A török hódoltság ideje alatt is élt a településen néhány család, de számuk jelentéktelen volt. A régi község elpusztult, egyes adatok szerint később, valószínűleg a németek betelepítésekor éledt újjá a mai helyén, az 1720-as években. Egy forrás szerint a Bodára érkezett németek Fuldából jöttek a XVIII. század első felében. Az első német telepesek vezetékneve: Miller, Prais, Trapp, Maus.
Fazekasboda pecsétjét 1724-ből ismerjük. Az egyik leírás szerint a pecséten fa látható, előtte fejszés alak, amely az irtásos földművelésre utal. Egy másik leírás vállán szekercét vivő alakról beszél, előtte fa, a háttérben búzatábla. A harmadik leírás szerint vállán hatalmas szekercét vivő, süveget viselő alak lép, mögötte vékonytörzsű magas fa, előtte 3 kevés levelű bokor. A fejsze és a fa kapcsolatban van a telepítéssel, elsősorban a németek betelepítésével. A török megszállás alatt a régi szántóföldek elvadultak, helyükön hatalmas összefüggő erdőterületek alakultak ki. A telepesek csak úgy tudták megkezdeni ismét a földművelést, ha ezeket az erdőségeket kiirtják. A falu címere 1997. márciusában készült el, alapját a pecséten látható kép adta.
